Od 1 lutego 2026 r. obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych mają najwięksi podatnicy (gdy łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników przekroczyła w 2024 r. kwotę 200 mln zł). Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek wystawiania faktur w KSeF objął pozostałych podatników. Nie dotyczy to jednak najmniejszych podatników, którzy obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych będą mieli dopiero od 1 stycznia 2027 r. Zgodnie bowiem z ustawą o VAT, podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w okresie od 1 kwietnia do 31 grudnia 2026 r. mogą (będą mogli) wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeżeli łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu będzie mniejsza lub równa 10.000 zł. Wskazani podatnicy będą zobowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych (tj. utracą prawo do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej) począwszy od faktury, którą przekroczą ww. limit 10.000 zł. Jeżeli w danym miesiącu faktury nie spełnią wskazanego wyżej warunku, podatnik nie będzie mógł ponownie skorzystać z możliwości wystawiania faktur w postaci papierowej lub faktur elektronicznych.
W związku z wejściem obowiązkowego KSeF pojawiały się wątpliwości dotyczące dokumentowania sprzedaży przez podatników korzystających z podmiotowego lub przedmiotowego zwolnienia z VAT, np. sugerowano możliwość wystawiania rachunków (zamiast faktur), aby uniknąć obowiązku wystawiania ich w KSeF.
Wystąpiliśmy do Ministerstwa Finansów (dalej: MF) o wyjaśnienie, czy po wejściu w życie obowiązkowego KSeF podatnicy zwolnieni podmiotowo/przedmiotowo z VAT dostawę towaru/świadczone usługi mogą dokumentować rachunkiem, czy też muszą fakturą (wskazując, że Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z 27 października 2025 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR, dostrzegł możliwość wystawiania rachunków przez podatników zwolnionych z VAT). Jednocześnie poprosiliśmy o odniesienie się MF do dokumentowania przez podatników zwolnionych z VAT usług najmu nieruchomości. Zapytaliśmy mianowicie, czy na podstawie art. 106b ust. 3 pkt 1 ustawy o VAT wyłączenie obowiązku wystawiania na żądanie nabywcy faktur dokumentujących czynności, o których mowa w art. 19a ust. 5 pkt 4 ustawy (m.in. usług najmu), odnosi się także do usług świadczonych na rzecz innego podatnika.
